Образовано Чукотское отделение Тихоокеанского научно-исследовательского рыбохозяйственного центра (1994)

Деятельность Чукотского отделения ТИНРО направлена на комплексное исследование прибрежных вод, тихоокеанских лососей и морских млекопитающих северо-западной части Берингова моря и южной части Чукотского моря.

Сотрудники ЧукотТИНРО, исследуют промысловые запасы водных биоресурсов, вырабатывают рекомендации по определению общих допустимых уловов на Чукотке. На основе этих данных правительство России ежегодно выделяет квоты на вылов.

Научные сотрудники ЧукотТИНРО разрабатывают научные рекомендации по охране окружающей среды, изучают влияние загрязнения водоемов ЧАО на биоресурсы и их продуктивность, разрабатывают мероприятия, направленные на охрану водной среды от загрязнения сточными водами и отходами рыбохозяйственных предприятий.

Поскольку Чукотка – единственный регион в стране, где идет аборигенный промысел морских млекопитающих, ЧукотТИНРО выполняет программы их изучения в тесном сотрудничестве с зарубежными учеными, участвуют в международных научно-исследовательских программах и проектах.

В 2004 году Чукотское отделение ТИНРО-Центра было реорганизовано в Чукотский филиал ФГУП «ТИНРО-Центр».

В 2015 году произошла следующая реорганизация: образован ФГБНУ «ЧукотТИНРО».

В 2016 г. на базе ФГБНУ «ЧукотТИНРО» создано Чукотское отделение ФГБНУ «ТИНРО-Центр» (ЧукотНИО).